Ba phe phái chính của phân nhánh Red Alert là Đồng Minh, Xô Viết, và Empire of the Rising Sun. Ngoài ra còn có phe Yuri là được hình thành một cách bí mật ngay trong nội bội phe Xô Viết

Đồng Minh

Đồng Minh là phe đã được tạo ra bởi một loạt các quốc gia châu Âu để chống đỡ sự xâm lược của Xô Viết ở châu Âu trong game Red Alert đầu tiên. Họ phải chịu những thất bại nặng nề khi lúc đầu chống lại cuộc xâm lược bất ngờ của Xô Viết, nhưng cuối cùng với sự giúp đỡ của Chronosphere thì họ cuối cùng đã chặn được cỗ máy chiến tranh của Xô Viết. Trong Red Alert 2, các quốc gia Đồng Minh lại một lần nữa tập hợp lại với nhau một lần nữa chấm dứt cuộc cuộc xâm lược Hoa Kỳ của Liên Xô. Trong Red Alert 3, phe Đồng Minh không những phải tiếp tục chiến đấu với phe Xô Viết, mà còn với Empire of The Rising Sun. Tuy nhiên, quân Đồng Minh đã đánh bại Emmpire với sự giúp đỡ từ Xô Viết, sau đó Xô Viết phản lại họ nhưng cuối cùng Đồng Minh lại là người chiến thắng. Trong chiến dịch của Đồng Minh trong bản mở rộng Uprising, họ đã phải trấn áp một cuộc nổi loạn của phiến quân Empire, nhưng không biết chiến dịch này được xem là cốt truyện chính hay không.

Xô Viết

Là tên gọi chỉ Liên Xô và đồng minh của họ trong phân nhánh Red Alert, được tạo ra bởi sai lầm của Albert Einstein khi ông cố gắng ngăn chặn những kinh hoàng của Thế chiến 2. Họ bị đánh bại bởi Đồng Minh trong Red Alert và sau đó quay lại trong phần 2 với sự trợ giúp của Yuri nhưng lại thua và Yuri sử dụng quân đội của riêng mình để kiểm soát thế giới với "Psychic Dominator", buộc Xô Viết phải liên minh với Đồng Minh để ngăn chặn Yuri. Trong Red Alert 3 Xô Viết quyết định sử dụng máy thời gian của riêng mình và định hình lại quá khứ khi họ đang trên bờ vực của sự thất bại và bằng cách đó họ tạo ra Empire of the Rising Sun và do không có "bom nguyên tử" hoặc "tên lửa hạt nhân" nên Empire chiếm hầu hết các vùng đất của Liên Xô. Đồng Minh và Liên Xô do đó đã liên minh với nhau để ngăn chặn Empire, nhưng cuối cùng họ lại bỏ rơi Đồng Minh trong cuộc tấn công cuối cùng vào Nhật Bản, mặc dù Đồng Minh đã đánh bại Empiret. Sau khi bị quân Đồng Minh làm thất bại kế hoạch tấn công Hoa Kỳ, Xô Viết đã thua trận. Trong bản mở rộng Uprising, do Xô Viết đã làm rõ âm mưu xóa sổ Liên bang Xô Viết của FutureTech, nhà thầu quốc phòng của Đồng Minh và do đó lãnh đạo phe Đồng Minh để yên cho Xô Viết xây dựng lại nhưng không biết chiến dịch này được xem là cốt truyện chính hay không

Empire of the Rising Sun

Là một kết quả ngoài dự tính của Liên bang Xô viết khi họ đi ngược thời gian để loại bỏ Einstein, Empire of the Rising Sun ra đời và trở thành một trong 3 lực lượng chính của Red Alert 3 ngoài Xô Viết và Đồng Minh. Họ là kẻ thù của cả Xô Viết và Đồng Minh vì họ tin rằng định mệnh đã cho họ là người thống trị thế giới. Mặc dù Empire ban đầu nắm ưu thế trước Đồng Minh và Xô Viết kể từ khi cả hai phe này bị suy yếu do đánh lẫn nhau, hai kẻ thù của nhau này đã liên kết với nhau để chống lại Empire. Mặc dù Xô Viết sau đó phản bội lại liên minh nhưng Empire cuối cùng cũng bị đánh bại bởi quân Đồng Minh. Trong Red Alert 3: Uprising, Empire đẩy lui cả Đồng Minh và Xô Viết ra khỏi Nhật Bản và tự thiết lập lại là một siêu cường toàn cầu, nhưng không biết chiến dịch này được xem là cốt truyện chính hay không.

Yuri

Yuri, trưởng cố vấn cho Thủ tướng Liên Xô Romanov trong Command & Conquer: Red Alert 2, đã đào ngũ khỏi Xô Viết. Trong Command & Conquer: Yuri's Revenge, Đồng Minh phát hiện ra rằng Yuri đã tạo ra một đội quân bí mật của riêng mình để thống trị thế giới bằng cách sử dụng Psychic Dominator, một thiết bị với sức mạnh kiểm soát trí não nhân loại [8] Các đơn vị của phe này thường dựa vào khả năng kiểm soát trí não và sự khôn ngoan hơn là sức mạnh vũ lực [9]. Mục tiêu chính của chiến dịch của cả Đồng Minh và Xô Viết trong Yuri's Revenge là để đánh bại Yuri.